Son origine est mal connue. Le 1er document datant de 878, la charte de Louis le Bègue (qui donnait Louhans sur Seille à l'abbaye de Tournus) mentionne l'église de Louhans. Elle s'appelle alors église St Martin. Elle prendra plus tard le nom de St Pierre. (probablement au XIIème siècle) Elle était sans doute romane.
-Aux Xème et XIème siècles : c'est un petit prieuré entouré de fermes exploitées par les moines de Tournus. Prieuré : nom donné à ces dépendances de l'abbaye où résidaient un prieur et quelques moines ( 3 au moins).
- Deux emplacements possibles : l'actuelle chapelle N. Dame ou le chœur actuel.
- A partir du XIIIème siècle : adjonctions de chapelles. Certaines commanditées par des particuliers . Ex : la confrérie des cordonniers ou des seigneurs locaux. - Plusieurs destructions suivies de réédifications .
Au XVème siècle, c'est une église gothique avec chœur et nef.
A noter la fondation par les seigneurs de Ratte de la chapelle N-D de Ratte.
-A partir de 1507, importants travaux dans l'église. Le clocher est refait à neuf en 1526 avec à sa base, la galerie à balustrade en "Ave Maria" - 1527 : installation des orgues -
En 1750, l'église compte 13 chapelles. - 1716 : réparation du clocher ; de nouveau surmonté d'une "tour en aiguille", remplaçant le dôme préexistant.
- Milieu du XVIIIème : beaucoup de projets sont faits pour moderniser, agrandir, éclairer cette église jugée sombre et mal agencée ; notamment un projet très coûteux de l'architecte Emiland Gauthey. Son allure générale : 2 corps de bâtiments : chapelle N.D. accolée à l'église.
- 2ème moitié du XVIIIème siècle, transfert du cimetière et dégagement de la place autour de l'église. - Très abimée à la Révolution, elle devient temple de la Raison. La chapelle est séparée de l'église par un briquetage. Les bâtiments ne sont pas entretenus. Eglise et chapelle sont rendues au culte sous le Concordat après réparations.
- Le bâtiment est restauré dans son état actuel à la fin du XIXème siècle.
Le clocher qui reposait sur un énorme pilier encombrait la nef et empêchait la vue du choeur est démoli en 1883 ainsi que les chapelles latérales. On construit le porche et le nouveau clocher devant la chapelle de la sainte Vierge.
Le toit respecte le style bourguignon avec ses tuiles polychromes émaillées.
- En 1975, le toit et le clocher aux tuiles vernissées sont restaurés.
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